Setze mal bitte deinen DNS Server des Hostsystem (RPI) auf einen öffentlichen DNS Server. Hatte nämlich das gleiche Problem, wenn der Pi sich selbst als DNS drin stehen hatte, was dann entsprechend an die Docker Container weitergegeben wird, hat das ganze ebenfalls nicht funktioniert. Es ist vielleicht nicht die Best Practice Lösung, aber hat bei mir funktioniert gehabt.
Zuvor muss du auf deinem RaspberryPi die NetworkManager.conf anpassen, da bei einem Neustart die resolv.conf überschrieben wird.
Diese liegt unter /etc/NetworkManager/NetworkManager.conf
Dort muss der Punkt dns=none hinzugefügt werden.
Anschließend kannst du in der resolv.conf die öffentlichen Nameserver setzen.
z.B:
Danach den Pi neu starten und erneut auf dem NPM Container den Curl Befehl ausführen.
curl -I https://acme-v02.api.letsencrypt.org/
Um das ganze wieder rückgängig zu machen, einfach in der NetworkManager.conf den Eintrag: dns=none raus nehmen und den Pi neu starten. Dann zieht der Pi sich die DNS Config wieder von deinem Router.